漢他病毒症候群屬於人畜共通傳染病，傳染途徑為經由呼吸道吸入鼠類分泌物或排泄物、接觸遭病毒污染的空氣或物體或被帶病毒之齧齒類動物咬傷等方式感染，因此預防方法主要就是防鼠，並避免接觸到鼠類及其排泄物與分泌物，住宅及各種公共場所均應加強環境清潔工作，驅除建築物中的鼠類，並採取防鼠之措施及發現時立即滅鼠。
農曆春節將至，民眾清掃住家及工作環境時，務必戴口罩避免吸入污染物，並使用塑膠或橡膠手套防護，避免直接接觸鼠尿、鼠糞或鼠屍。如已觀察到老鼠出沒蹤跡，應用新鮮稀釋1:10市售漂白水，小心輕倒在排泄物上，等待消毒作用30分鐘後清除，由外往內擦拭污染區域，再使用清水擦拭；為避免病毒飛揚於空氣傳染他人，請使用清除污物之拋棄式紙巾、抹布或舊報紙清理，再以垃圾袋密封後丟棄。